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2003
• Eröffnung des Kunsthauses Graz
• Neuaufstellung des Volkskundemuseums
 
2004
• Eröffnung des Planetengartens im Park von Schloss Eggenberg
• Neuaufstellung der provinzialrömischen Sammlung mit der Eröffnung des Lapidariums im Park von Schloss Eggenberg und des Museumspavillons Flavia Solva
 
2005
• Gründung der Museumsakademie Joanneum
• Übersiedelung und Neuaufstellung der Alten Galerie nach Schloss Eggenberg
• Sanierung des Herrschaftsgartls im Park von Schloss Eggenberg
• Sanierung und Adaptierung der gesamten Verwaltungsräume der Alten Galerie
 
2006
• Fertigstellung der Wechselausstellungsräume im Schloss Eggenberg
• Eröffnung des Jagdmuseums Schloss Stainz
• Sanierung und Optimierung der Depotflächen im Schloss Trautenfels
 
2007
• Übernahme des Österreichischen Skulpturenparks und erste infrastrukturelle Maßnahme in der Parkanlage • Neuaufstellung der Münzensammlung und Eröffnung des Münzkabinetts
• Schaffung des Verwaltungszentrums in der Mariahilferstraße 2–4
 
2008
• Neugestaltung der volkskundlichen Schausammlung
 
2009
• Neuaufstellung der archäologischen Sammlung und Eröffnung des Archäologiemuseums
• Neuaufstellung des Landwirtschaftsmuseums Schloss Stainz
• Inbetriebnahme des Studien- und Sammlungszentrums Andritz und weitere Depotoptimierungen
• Neuer Außenauftritt: Umbenennung in „Universalmuseum Joanneum“ und Schaffung eines vollkommen neuen Corporate Designs
 
2010
• Spatenstich für den Bau des Joanneumsviertels
 
2011
• Neuaufstellung der Kulturhistorischen Sammlung, Eröffnung des Museums im Palais
• Eröffnung des Joanneumsviertels inkl. der Neuen Galerie Graz, des BRUSEUMs und der Multimedialen Sammlungen
 
2012
• Neugestaltung des Römermuseums Flavia Solva
 
2013
• Neuaufstellung der naturkundlichen Sammlungen und Eröffnung des Naturkundemuseums im Joanneumsviertel
• Neugestaltung der Kanonenhalle im Landeszeughaus
• Übersiedelung der Bestände der Multimedialen Sammlungen in ein Klimadepot mit modernsten Standards • Aufnahme des Rosegger-Geburtshauses (Alpl) und -Museums (Krieglach) in den Joanneums-Verband.

Qualitätssteigerung in der Sammlungsphilosophie und -betreuung
Auf Betreiben der beiden Geschäftsführer wurde ab 2003 an spezifischen Sammlungskonzepten gearbeitet. Der Prozess mündete 2014 in der für Österreich einzigartigen Veröffentlichung der Allgemeinen Sammlungsrichtlinien, die den Sammlungsaufbau transparent und nachvollziehbar machen und die hohe Qualität im Sammlungsbestand gewährleisten. Da man quer durch alle Sammlungen über umfassende und qualitativ hochwertige Objektbestände verfügt, ist das Joanneum nicht vollständig abhängig von der Dynamik des internationalen Kanons von sogenannten „Blockbuster“- Ausstellungen, die einen kostspieligen Leihverkehr verursachen. Die von Pakesch und Muchitsch erfolgreich umgesetzte Strategie, die eigenen Sammlungen neu aufzustellen und stärker in den Vordergrund zu rücken, hat sich gerade in den wirtschaftlichen Krisensituationen der letzten Jahre besonders bewährt. Zudem ist es gelungen, die einzelnen Museumsstandorte und Sammlungen bei verschiedenen Projekten interdisziplinär zu verschränken, wie zuletzt beispielsweise beim Landschaftsschwerpunkt. Dieses Zusammenspiel der unterschiedlichen Abteilungen stärkte nicht zuletzt die Gesamtidentität des Joanneums.

Insgesamt wurden seit 2003 171.427 Objekte in die Sammlungen des Universalmuseums Joanneum aufgenommen. Dazu zählen auch viele Werke, die das Joanneum nicht zuletzt aufgrund des Vertrauensverhältnisses zwischen Peter Pakesch und bedeutenden Kunstgrößen als Geschenk erhielt. Beispielhaft zu nennen sind:
 
• ein großer Block von Medienarbeiten von Richard Kriesche (2013),
 
• die gesamte Serie des Fotozyklus Das Land von Manfred Willmann (2012),
 
• fünf bedeutende Werke als Schenkung von Maria Lassnig, die die Künstlerin 2013 in Anerkennung der Anstrengungen zur Lassnig-Retrospektive in der Neuen Galerie Graz und den damit verbundenen Arbeiten zum Werkverzeichnis sowie aufgrund ihrer langjährigen Zusammenarbeit mit Peter Pakesch dem Joanneum anvertraute – die größte Schenkung, die Lassnig je einem Museum übergab.
 
• Zusammen mit den Bundesmuseen Albertina und Belvedere wurde auch die Neue Galerie Graz mit 47 Werken aus der bedeutenden Sammlung Ploner bedacht (2014),
 
• und last but not least konnte auch der künstlerische (2008) und literarische (2009) Vorlass von Günter Brus für das Universalmuseum Joanneum gesichert werden.